论文代码复现

"(2025) Decoding the Valence of Developmental Social Behavior: Dopamine Governs Social Motivation Deficits in Autism. In preparation"

作者: 陈昕枫, 2025-08-09. 修改: 陶现明,2025-08-15.

Figures 图库

运行此仓库中的代码以复现论文中的图表。 Fig1_S1 Fig2_S2 Fig3_S3 Fig4_S4 Fig5_S5 Fig6_S6 Fig7_S7

代码和数据下载

数据和代码已开源,链接为 Figshare_DATA_20250818.zip🔗 (1.0 GB)。 下载后解压到文件夹,命名为Figshare

安装

支持 Windows、Linux 和 MacOS 系统。

首先,通过 uv 工具安装依赖环境

警告

不要同时使用 uvconda。这会导致包安装冲突。在运行以下代码之前,请先运行 conda deactivate

# 在运行以下代码之前,请下载 FIGSHARE 代码和数据。
unzip Figshare_DATA_2025*.zip -d Figshare
cd Figshare

python3 -m pip install uv          # UV 是一个轻量级的 Python 包管理器,类似于 conda。

uv sync --index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple  # 中国用户可选清华镜像源,否则安装速度很慢。
uv run python --version  # 验证 Python 版本(应为 3.12)

安装自定义包

uv pip install git+https://github.com/chenxinfeng4/multiview_calib.git

git clone https://github.com/chenxinfeng4/LILAB-py.git ../LILAB-py
uv pip install -e ../LILAB-py

uv run python -m lilab.multiview_scripts_dev.p1_checkboard_global -h   # 验证安装

生成单个图表:Fig1C.pdf

您可以逐个运行 Fig*/Fig*.py 中的代码来生成图表。

uv run python Fig1_S1/Fig1C.py   # 结果保存到 Fig1_S1/result/Fig1C.pdf

注意: 如果出现任何错误,请确保所有数据文件都已正确下载。

通过一个命令生成所有图表

uv run python main.py test

生成 Fig1.pdf, FigS1.pdf, Fig2*.pdf, ... 结果保存到相应的文件夹中。Fig*/result/*.pdf,例如 Fig1_S1/result/Fig1E.pdf

清理所有结果,复原

#1. 删除所有结果数据
uv run python main.py clean

#2. 或者手动删除所有结果数据
rm Fig*/result/*pdf Fig*/result/*pkl Fig*/result/*png